DNA Shuffling基本原理是先将来源不同但功能相同的一组同源基因，用DNA核酸酶I进行消化产生随机小片段，由这些小片段组成一个文库，使之互为引物和模板，进行PCR扩增，引起模板转换，重组因而发生，导入体内后，选择正突变体做新一轮的体外重组，一般通过2-3次循环，可获得产物大幅度提高的重组突变体。