博学集成公司经过政府采购招标过程，承接国家机关B的信息化工程项目建设任务，合同规定的投资金额为980万元，建设周期2年。但在系统试运行阶段，由于《行政许可法》的颁布实施，B的工作流程发生了变化，需要新增和改造部分功能。B认为该项目变更部分由博学集成公司继续承担较为合适，决定不再进行招标，并且双方通过协商决定新增投资100万元。

对于业主的做法，你认为是否合适？并说明理由。