事故概述：2015年8月12日，05：44：58司机于X值乘0901次0116车 运行至转换轨Ⅱ停稳，行调命令司机凭地面信号显示运行至和兴路下行站台停 车待令。05：46：09司机凭行调命令及地面信号显示以ATO模式动车。05：57：45 司机凭行调命令运行至和兴路下行站台停稳。06：10：13行调命令司机运行至理 工大学下行站台停车待令，06：10：36司机凭行调命令动车，06：12：46列车以ATO 模式运行至理工大学下行站台时，司机未能及时采取制动措施，运行至站台中 部时，06：12：50司机采取紧急停车措施（快速制动），06：13：03列车停稳后越 过出站信号机（出站信号机蓝灯），司机尝试以ATP模式退行，ATP模式退行4 米左右列车发生紧制，06：14：20行调呼叫司机询问现场具体情况，行调命令司 机运行至黑龙江大学下行站台停车待令。

司机王X在整个过程中存在哪些问题？